基本信息
姓名：聂藩
职称：讲师
电子信箱：[email protected]
办公室：数绿帽社 A425
个人简介
本科和硕士就读于华中科技大学，获得应用数学学士学位和计算数学硕士学位。博士就读于中南大学，获得计算机博士学位。其主要研究方向是序列分析和纠错、基因组组装。成果发表于Nature Communications、Briefings in Bioinformatics、Bioinformatics等期刊。
学习工作经历
教育经历：
2017/09—2023/12 中南大学 计算机科学与技术 博士
2007/09—2009/06 华中科技大学 计算数学 硕士
2001/09—2005/06 华中科技大学 数学与应用数学 学士
工作经历：
2024/04—至今 绿帽社
2012/09—2016/01 中电长城（长沙）信息技术有限公司
2011/08—2012/08 三一重工股份有限公司
2009/08—2011/07 苏州同元软控技术有限公司
主讲课程
数学建模、Python数据分析与可视化、机器学习
研究方向
主要研究方向生物信息学领域的基因组学数据分析，包括序列比对、纠错以及基因组组装。
科研项目
论文专著
[1] Chen Y, Nie F, Xie S Q, et al. Efficient assembly of nanopore reads via highly accurate and intact error correction[J]. Nature Communications, 2021, 12(1): 60.
[2] Jarvis E D, Formenti G, Rhie A, …, Nie F, … et al. Semi-automated assembly of high-quality diploid human reference genomes[J]. Nature, 2022, 611(7936): 519-531.
[3] Nie F, Ni P, Huang N, et al. De novo diploid genome assembly using long noisy reads[J]. Nature Communications, 2024, 15(1): 2964.
[4] Ni P, Huang N, Nie F, et al. Genome-wide detection of cytosine methylations in plant from Nanopore data using deep learning[J]. Nature Communications, 2021, 12(1): 5976.
[5] Ni P, Nie F, Zhong Z, et al. DNA 5-methylcytosine detection and methylation phasing using PacBio circular consensus sequencing[J]. Nature Communications, 2023, 14(1): 4054.
[6] Zhang J, Nie F, Huang N, et al. Fec: a fast error correction method based on two-rounds overlapping and caching[J]. Bioinformatics, 2022, 38(19): 4629-4632.
[7] Huang N, Nie F, Ni P, et al. NeuralPolish: a novel Nanopore polishing method based on alignment matrix construction and orthogonal Bi-GRU Networks[J]. Bioinformatics, 2021, 37(19): 3120-3127.
[8] Huang N, Nie F, Ni P, et al. BlockPolish: accurate polishing of long-read assembly via block divide-and-conquer[J]. Briefings in Bioinformatics, 2022, 23(1): bbab405.
[9] Huang N, Xu M, Nie F, et al. NanoSNP: a progressive and haplotype-aware SNP caller on low-coverage nanopore sequencing data[J]. Bioinformatics, 2023, 39(1): btac824.
[10] Zhang J, Nie F, Luo F, et al. Phasing nanopore genome assembly by integrating heterozygous variations and Hi-C data[J]. Bioinformatics, 2024, 40(12): btae712.
获奖情况